Nama "Klojen" berasal dari kata Belanda "loge", yang berarti benteng atau gedung besar. Pada tahun 1767, setelah berhasil menguasai Malang, Belanda mendirikan sebuah benteng atau loge di wilayah utara yang sekarang menjadi area Rumah Sakit Saiful Anwar. Seiring waktu, penyebutan "loge" berubah menjadi "loji", dan akhirnya dikenal sebagai "Klojen".
Pada masa kolonial, Klojen menjadi pusat pemerintahan dan perdagangan. Setelah Indonesia merdeka, wilayah ini terus berkembang dan pada tahun 1988, Kota Malang mengalami pemekaran wilayah. Beberapa kelurahan yang sebelumnya berada di Kecamatan Klojen dipindahkan ke kecamatan lain, seperti Sukun dan Lowokwaru. Saat ini, Kecamatan Klojen berfungsi sebagai pusat aktivitas kota, dengan berbagai fasilitas penting seperti kantor pemerintahan, pusat pendidikan, dan layanan kesehatan. Wilayah ini juga dikenal dengan keberadaan pasar tradisional, yang menjadi pusat perekonomian lokal. ​Sejarah panjang dan perkembangan Kecamatan Klojen mencerminkan dinamika kota Malang dari masa ke masa, menjadikannya sebagai salah satu wilayah yang penting dalam konteks sejarah dan budaya kota ini.